Refundado en el año 2006, sobre el extinguido CD Villacarrillo es a partir del año 2008, coincidiendo con la llegada a la presidencia del actual presidente Francisco José Martínez, cuando realmente comienza la etapa más laureada del actual club celeste:
- Temporada 2008-9 Campeón del Grupo 2 de Primera Provincial y ascenso a Regional Preferente
- Temporada 2009-10 Campeón del grupo jiennense de la Regional Preferente y ascenso a Primera División Andaluza
- Temporada 2011-12 Campeón de Primera División Andaluza, y ascenso por primera vez en su historia a 3ª División, donde permanecerá 3 temporadas consecutivas, hasta que en la 2014-15 desciende a Primera División Andaluza
- Temporada 2015-16, ascenso a la recién creada categoría de División de Honor
- Temporada 2016-17, Nuevo ascenso a 3ª División
En definitiva cinco ascensos en 9 temporadas, que han conseguido que el Villacarrillo CF, se haya convertido en una verdadera referencia del futbol autonómico, siendo uno de los equipos de municipios más pequeños, actualmente en categoría Nacional.